ถึงแม้ว่า Columbus จะเป็นผู้ที่ริเริ่มนำเมล็ดโกโก้เข้าไปสู่ยุโรป แต่ผู้ที่สร้างมูลค่าในเชิงการพาณิชย์ให้กับโกโก้คือ Don Cortes ปัจจุบันต้นโกโก้สามารถพบได้ในพื้นที่เขตร้อนของโลก เช่น แอฟริกาใต้ (South Africa), ไนจีเรีย (Nigeria), กาน่า (Ghana), ไอวอรี่โคสต์ (Ivory Coast) และบางประเทศในทวีปเอเซีย เช่น อินโดนีเซีย (Indonesia) ซึ่งเป็นประเทศหนึ่งของทวีปเอเชียที่ผลิตโกโก้ได้ในปริมาณสูง
ต้นโกโก้มีสายพันธุ์แบ่งแยกได้ 4 สายพันธุ์ คือ Criollo, Forastero, Trinitario, และ Nacional
โกโก้สายพันธุ์ Criollo ถูกปลูกดั้งเดิมแถบประเทศเม็กซิโก อเมริกากลางและอเมริกาใต้ โกโก้สายพันธุ์นี้จะให้เมล็ดโกโก้ที่มีคุณภาพดีมาก แต่มีผลผลิตน้อย ประเทศเวเนซูเอลาจึงนำไปขยาย แตกสายพันธุ์ออก ทำให้เกิดพันธุ์ใหม่ๆ ขึ้นอีกหลายพันธุ์ เช่น Chuao, Procelana, Puerto Cabello และ Carupano ซึ่งถูกนำไปใช้ในการผลิตช็อคโกแลต
Forastero ถูกปลูกมากในแถบแอฟริกา อเมริกากลางและอเมริกาใต้ และเป็นสายพันธุ์ที่ให้ผลผลิตรวมถึง 80% ของผลผลิตโกโก้ทั่วโลก เนื่องจากต้นโกโก้สายพันธุ์นี้เติบโตอย่างรวดเร็ว และให้ผลผลิตสูง ในประเทศเวเนซูเอลามีการนำพันธุ์นี้ไปขยายพันธุ์เป็น Carenero Superior, Caracas Natural และ Rio Caribe ส่วนประเทศเอกัวดอร์ก็มีการขยายพันธุ์และเรียกพันธุ์ใหม่ว่า Amenolado ซึ่งให้รสชาติโกโก้ที่นุ่มและหอม
ส่วนพันธุ์ Trinitario เป็นสายพันธุ์ผสมระหว่าง Criollo และ Forastero ซึ่งถูกปลูกมากในแถบอเมริกากลางและอเมริกาใต้ รวมถึงประเทศในแถบเอเชีย ข้อดีของสายพันธุ์นี้คือ จะได้เรื่องของ Aroma ความหอมของโกโก้ ซึ่งได้รับมาจาก Criollo และเรื่องการต้านทานโรคและยังให้ผลผลิตสูง ซึ่งเป็นเอกลัษณ์ของพันธุ์ Forastero
สายพันธุ์สุดท้ายคือ Nacional ซึ่งถูกปลูกมากในแถบตะวันตกของเทือกเขาแอนเดสในทวีปอเมริกาใต้ สายพันธุ์นี้มีความต้านทานโรคต่ำและปลูกยาก แต่มี Aroma ที่ยอดเยี่ยม
อย่างไรก็ตาม ยังมีปัจจัยอื่นๆ อีกหลายอย่างที่ส่งผลถึงรสชาติและคุณภาพของโกโก้ ไม่เพียงแต่เรื่องของสายพันธุ์ สภาพดิน อากาศ แสงแดด ฝน สิ่งเหล่านี้ก็เป็นปัจจัยหลักที่ทำให้คุณภาพของโกโก้ที่ได้แตกต่างกัน